Noong Dis. 8, 1941, sinalakay ng Hapones ang Pilipinas siyam na oras matapos nitong salakayin ang Pearl Harbor sa Hawaii. Nagresulta ang pagsalakay sa pagkamatay ng libo-libong sundalo at sibilyan at pagwasak ng mga barko at eroplanong pandigma ng United States (US). Hindi inakala ng mga Amerikano na sasalakayin ang Pearl Harbor na nasa Karagatang Pasipiko na mahigit walong libong kilometro ang layo sa Pilipinas.

Dahil nais ng Japan na palakasin ang kanilang kontrol sa Asya bilang bahagi ng Axis powers kasama ang mga Italy sa pamumuno ni Benito Mussolini at Germany sa pamumuno ni Adolf Hitler, naging target ang Pilipinas na pangunahing kolonya ng US sa Asya.

Mabilis na nasakop ng puwersang Hapones ang Pilipinas sa pamamagitan ng tuloy-tuloy na pambobomba sa Maynila at mga karatig lugar. Pero sa halip na ipagtanggol ng puwersang Amerikano na nakahimpil sa Pilipinas, ang US Armed Forces in the Far East, lumisan si Gen. Douglas MacArthur kasama ang gobyernong Commonwealth at naglagi sa US hanggang halos matapos ang digmaan noong 1944.

Napilitang sumuko ang mga naiwang Amerikano at Pilipinong sundalo matapos bumagsak ang Bataan noong Abril 9, 1942. Sa loob ng mahigit tatlong taon, karumal-dumal na mga krimen ang naranasan ng mamamayang Pilipino sa kamay ng Japan. Marami ang pinahirapan, pinatay at ginahasa ng mga sundalong Hapones.

Pero hindi natinag ang mamamayang Pilipino. Sa atas ng Partido Komunista ng Pilipinas, binuo ang Hukbong Bayan Laban sa Hapones (Hukbalahap) na nagpatuloy sa pakikipaglabang gerilya para ipagtanggol ang mga Pilipino sa pang-aabuso ng mga Hapones. Maraming lugar sa Pilipinas na ang napalaya ng Hukbalahap mula sa kontrol ng mga Hapones nang bumalik si MacArthur noong Okt. 20, 1944.